1860年代，聖方濟各堂的前身聖方濟各沙勿略堂設在九龍城區，供往來大陸的傳教士應用；堂名是紀念16世紀到東南亞開教的耶穌會士聖方濟各沙勿略。
1930年，港英政府為擴建啟德機場，以鄰近地皮交換聖堂原址。捐款資助興建聖堂的甘曼斯（Gomes）家人為紀念其先人，將聖堂改名為聖五傷方濟各堂，惟二次大戰時佔領香港的日軍為擴展機場，於1943年將新教堂拆毀。
寶血女修會於1930年代在深水埗建立了修院和診所，以修院的寶血堂舉行主日感恩祭。1953年，石硤尾大火令木屋區五萬多人無家可歸，政府遂興建大量徙置大廈，為災民提供棲身之所；教區在此時於災區附近興建新聖堂，並採用十多年前在九龍城被拆卸的教堂名稱。新建的聖五傷方濟各堂於1956年10月21日開幕，由白英奇主教主持祝聖典禮 。
1966年，聖堂易名為聖方濟各堂。(維基百科)
